Bitku o angažovanie Mareka Hamšíka vyhral Neapol, ktorý sa do najvyššej talianskej súťaže vrátil po šiestich rokoch. So slovenským reprezentantom podpísal päťročnú zmluvu 28. júna 2007. Na konto Brescie putovalo 5,5 milióna eur. Vtedy ešte pod Vezuvom netušili, akú zlatú rybku získali... Na prvý súťažný zápas v drese Neapolu nastúpil Marek 15. augusta proti Cesene. Bol to duel Talianskeho pohára a náš reprezentant zaznamenal prvý gól v drese modrých. Napriek jeho mladého veku patril k oporám Neapolu. Premiérový zásah v Serii A zaznamenal 16. septembra proti Sampdorii, ktorého vtedajším trénerom bol Walter Mazzarri. Ten neskôr viedol Mareka v Neapole. V januári 2008 zaznamenal proti Laziu dva góly. Marek sa vypracoval za najväčšiu hviezdu mužstva a vedenie Neapolu s ním 12. apríla predčasne predĺžilo zmluvu do roku 2013. Sezónu zakončil gólom po krásnom sóle do siete AC Miláno. V úvodný rok v drese Partenopei mu vyšiel vynikajúco. S deviatimi gólmi sa stal najlepším strelcom mužstva, pričom ani jeden nedal z penalty.Druhú sezónu začal parádne, v prvých štyroch zápasoch zaznamenal tri góly. V januári získal svoju prvú individuálnu cenu v Taliansku. Vyhlásili ho za najlepšieho mladého hráča Serie A. Prvého zo zahraničia od roku 1997! Vo februári proti Palermu zaznamenal deviaty gól v sezóne. Ukázalo sa, že to bol posledný v sezóne 2008/09. Napriek tomu sa stal druhýkrát za sebou najlepším strelcom Neapolu. Anglický renomovaný denník The Times označil Mareka za dvanásty najväčší talent sveta! Do sezóny 2009/10 mal výborný štart štart. Skóroval vo všetkých troch úvodných zápasoch. 31. októbra aj vďaka jeho dvom gólom vyhral Neapol na ihrisku Juventusu 3:2. Partenopei sa to podarilo po 21 rokoch! S rokom sa rozlúčil gólom proti Chievu a zapísal sa do dejín Neapolu. V Serii A a v Talianskom pohári dal za modrých celkovo 28 gólov a stal sa najproduktívnejším stredopoliarom klubu vo svojej viac ako osemdesiaťročnej histórii!V januári 2010 si v zápase proti Sampdorii obliekol v súťažnom dueli dres Neapolu už po stý raz.