Narodil sa v Bytči v rodine mäsiara Jozefa Gašpara Tisa (1862 – 1943) a Terézie, rod. Budíškovej (1863 – 1947) ako druhé z desiatich detí (z ktorých tri zomreli v mladom veku). Bol pokrstený ako Jozef Gašpar, druhé meno však nepoužíval. Študoval na štvortriednej rímskokatolíckej ľudovej škole v Bytči. V prvom ročníku sa vyučovalo výlučne po slovensky, na škole ale dostal aj základy nemeckého a maďarského jazyka.Ako usilovného žiaka s talentom na reči ho rodičia v r. 1898 poslali na nižšie chlapčenské gymnázium v Žiline. Gymnázium bolo v čase Tisovho štúdia úplne pomaďarčené. Z tohto dôvodu zrejme dochádza k zmene transkripcie jeho mena na Tiszó (Tiszo) Józef. Po roku 1918 a 1945 sa z tohto faktu vyvodzovali rozsiahle závery o jeho národnej orientácii, pričom tieto snahy mali propagandistický účel a jednoznačné účelové a politické zameranie . Popri dobrých študijných výsledkoch bol aktívnym členom študijného svojpomocného spolku, ktorý zaobstarával knihy a učebné pomôcky pre chudobných žiakov. V roku 1902 odišiel študovať na piaristické gymnázium do Nitry. Podľa historika Ivana Kamenca z tohto obdobia neexistujú hodnoverné dokumenty o jeho národnej uvedomelosti, pretože svedectvá jeho spolužiakov a blízkych ľudí odzneli až na vrchole jeho politickej kariéry, prípadne ako svedectvo v neskoršom súdnom procese. Podľa svedectva spolužiaka Jozefa Randíka sa v kvinte na otázku triedneho učiteľa spolu s ďalšími 15 spolužiakmi prihlásil za Slováka, pričom nahnevaný učiteľ ich bez ohľadu na ich prejav všetkých okrem jedného zapísal ako Maďarov. Údajne ďalej prejavil pod vplyvom staršieho kolegu Jozefa Koptáka záujem o slovenské dejiny a slovenský spisovný jazyk a zúčastnil sa viacerých národne orientovaných činov, ktoré mohli mať za dôsledok jeho vylúčenie. Ak by aj boli svedectvá pravdivé, jeho hlbšia národná orientácia zrejme zostala skrytá pred jeho učiteľmi a biskupom, inak by ho neodporučili na ďalšie elitné štúdium.

Ako výnimočne nadaného ho nitriansky biskup poslal na univerzitu do Viedne na takzvané Pázmaneum, ktoré bolo určené pre obzvlášť talentovaných a perspektívnych adeptov kňazskej dráhy. Na štúdium nastúpil v roku 1906. Na Pazmáneu vyučovali vynikajúci profesori, pričom Tiso mal možnosť zoznámiť sa s rôznymi filozofickými smermi a najnovšími pápežskými encyklikami. V školských hodnoteniach bol najčastejšie charakterizovaný ako vynikajúci, príkladný, povzbudivo pobožný a podobne. Pri zápisoch do semestrov si hlásil slovenský materinský jazyk. V seminári písal kázne popri maďarčine aj v slovenčine. Vďaka svojim vedomostiam a usilovnosti získal funkciu asistenta. V priebehu štúdia mu hrozilo vylúčenie kvôli listu bývalým spolužiakom nitrianskeho seminára, kde spomenul „rozhárané pomery“ v seminári. Rektor nitrianskeho seminára obsah zdramatizoval, za dôvod narážky uviedol, že seminár „vypovedal vojnu myšlienke slovenského nacionalizmu“ a žiadal rektora Pazmánea aby bol Tiso vzatý na zodpovednosť. Rektor Pazmánea Drexler sa Tisa zastal a prípad bol uzavretý napomenutím. Štúdium ukončil v roku 1910 ako premiant a o rok obhájil svoju dizertačnú prácu na dogmaticko-historickú tému Doctrina parhenogeneseos ex monumentis antenicaenis demonstrata (Dôkazy o panenskom materstve Márie na základe dokumentov spred Nicejského koncilu). Cieľom práce bolo kriticky preskúmať tvrdenie profesora Otta Zöcklera, že reformácia navrátila mariánsky kult k stavu, aký mal v čase raného kresťanstva. Tiso dospel k záveru, že tvrdenie sa nedá považovať za pravdivé, pretože kult sa viackrát zaznamenal už do začiatku apoštolského kresťanstva. Po schválení dizertácie a vykonaní rigoróznych skúšok bol 15. júla 1911 promovaný za doktora teológie