Aj keď je Slovensko rozlohou malé nájdeme na ňom rastliny, ktoré inde v Európe ani vo svete nenájdme.Ohrozené, zriedkavé, vzácne alebo iank významné druhy rastlín môže Ministerstvo životného prostedia Slovenskej republiky ustanoviť všeobecne záväzným právnym predpisom za chranené druhy. Chranené rastliny je zakázané čo i len poškodzovať,ničiť, trhať,vykopávať, vyrezávať i poškodzovať a ničiť ich biotopy. Okrem zoznamov štátnom chranených druhov rastlín existuje aj Červený zoznam. Najnovšie v slovenskom Červenom zozname z roku 2011 je zaradených 1270 taxónov.
Na mokrých stanovištiach rastie vzácny kosatec sibírsky.
Veľká Fatra:
Raslinstvo je neobyčajne pestré. Z Karpatských endemitov sa na území vyskytujú horčičník Wittmannov, klinček leský, klinček peristý, ometlina smutná, soldanelka karpatská, poniklec slovenský, ostrica vždyzelená. Zo vzácnych a zriedkavých druhov tu rastie mak alpínsky a škumpa vlasatá. Z chranených druhov rastlín sú to vretenica narcisokvetá, plesnivec alpínsky, horec Clusiov, horec jarný, astra alpínska, telékia ozdobná, prvosienka pomúčená a rosnička okrúhlolistá.
Endemitom Veľkej Fatry je cyklámen fatranský.
Pralesy v závere Zelenej doliny pod Suchým vrchom a Ostrým brdom v Národnom parku Veľká Fatra sú od 1. februára 2014 zákonom prísne chránené.
Chočské vrchy:
Flóra má prevažne horský až vysokohorský charakter a je v nej zastúpených viacero vzácnych chránených, endemických i reliktných druhov napr: prvosienka holá, astra alpínska, plesnivec alpínsky, poniklec slovenský, horec Clusiov.
Horná Orava:
Výnimočným javom územia sú rašeliniská, ktoré na Slovensku nemajú obdobu.Nikde inde na Slovensku sa nevyvinuli v takom rozsahu. Rastú na nich typické druhy karpatských rašelinísk, ako sú rosnička okrúhlolistá, ktorá je drobná hmyzožravá rastlinka a rosnička anglická.
Vzácnym endemitom Oravy, ktorý rastie na babej hore je rožec alpínsky babohorský.
Tatry:
Tatranské rastlinstvo ma druhy rôzneho pôvodu. Vyskytujú sa druhy arkticko-alpínske,arkticko-altajsko-alpínske, stredoeurópske, boreálne druhy, juhosibírke, pontické a submediteránne.
Z endemitov treba spomenúť lipnica žulová, horčičník Wahlenbergov, pribilica pestrá Kotulova, očianka bezolistá. Z endemitov Karpát sa tu vyskytujú ostropysk karpatský, púpavec púpavový, žerušničík nebadaný, kostrava karpatská, vŕba Kitaibelova. Zo západokarpatských endemitov tu rastú lyžičník tatranský, ostrevka tatranská, soldanelka karpatská, klinček včasný, kostrava tatranská, ostrica vždyzelená. Poniklec tu rastie zriedkavo. Výnimočne sa vyskytujú bodliak laločnatý, králik alpínsky tatranský, orlíček obyčajný, lomikameň pyžmový.
Pieniny:
Z botanického pohľadu sú Pieniny svojráznym celkom, s viacerými endemitickými a reliktnými druhmi. K najznámejším endemitom patria králi Zawadského pravý, púpava Hoppeho peininská, rebrica pyrenejská a sibírska, a rábka chocholíkatá. Zo západokarpatských endemitov tu nájdeme klinček lesklý, horčičník Wittmannov, rožec tatranský, bodliak sivý, bodliak laločnatý, soldanelku karpatskú, chrastavca Kitaibelovho. Zo vzácnejších a zriedkavejších druhov sa vyskytujú dryádka osemlístková, arábka alpínská, lipnica alpínska, iskerník veľhorský, ktoré najdeme aj v susednom TANAP-e.
Zemplín a Vihorlat:
Na sviežich, zamokrených a mokrých lúkach Vychodoslovenskej pahorkatiny sú vzácne spoločenstvá chranených a zriedkavých druhov, ako sú bleduľa jarná, korunka strakatá, kosatec trávolistový a hrachor žltý hladký. Na slatiných rašeliskách a mokrinách je vzácna lokalita ostrice hrebienkatej. Chaakarteristickým druhom chráneného územia je telekia ozdobná, ktorá sa hromadne vyskytuje s kamzičníkom rakúskych a prilbicou moldavskou v údoliach horských potokov. Na Snínskom kameni rastie vzácny rozchodník ročný a kostrava ovčia vihorlatská.
Slovenský kras:
Treťohorným reliktom je kandík psí zub.
Endemitom je rumenica turnianska, hloh domický, ostrevka Heuflerova, mukyňa rakúska Haszlinského, zbehovec Laxmannov, zanoväť ležatá. Vzácne tu rastie treťohorný relikt škumpa vlasatá. Zglaciálonych reliktov je to astra alpínska a dvojštítok hladkoplodý. Z chranených druhov sa vyskytujú sodanelka uhorská, kortúza Matthiolova, jelení jazyk celistvý, klinček včasný, veternica lesná, zvonček karpatský, prilbica moldavská, prvosienka holá, plamienok alpínsky. Veľmi vzácna je nová lokalita šafrana Heuffelovho. Na mokrých stanovištiach rastie vzácny kosatec sibírsky.
Zdroj lit.:D.Janota,M Tesák,I.Vološčuk(1984)- Krásy a vzácnosti slovenskej prírody
http://rarach-turiec.blogspot.sk/2014/03/prales-pod-suchym-vrchom-vo-velkej-fatre.html